相对于需要大量投入的有机肥，微生物菌对土壤能够更好的起到四两拨千斤的作用，微生物菌可以活化土壤有机和无机养分，提供肥料利用率，改善土壤团粒结构，降解重金属残留，抑制土传病害的发生，微生物的代谢物中含有多种天然的植物激素和氨基酸等有益物质可促进植物健康生长。但是，微生物要更好的发挥作用，还是得建立在土壤有机营养充足的基础上。
农业部登记的大类有七类(微生物菌剂、复合微生物肥料、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、生物有机肥、内生菌根菌剂、根瘤菌菌剂)，七大类当中又有上百种不同的菌种，不同的菌种起到的最大的作用又不一样，比如硅酸盐细菌主要是活化土壤养分，细黄链霉菌主要是主要是针对土传病菌的抑制等等;
以假冒真、以次充好、夸张宣传的现象很普遍，面对良莠不齐的微生物菌产品，甚至执法部门都无能为力(能做检测的部门很少)，何况是农资从业者，微生物的效果又长期的过程，大多效果在短期内很难观察到。
随着土壤酸化、次生盐渍化等很多问题的发生，尤其是在经济效益高的大棚蔬菜和果树区，种植户被土壤问题困扰更重，近几年土壤调理剂在这些区域也开始升温，土壤调理剂对于土壤的主要有疏松土壤、改善土壤团粒结构，保水保肥，缓解土壤酸化、盐碱化等方面的作用。土壤调理剂的分类大致分为四类：
还有一些未取得登记，但广泛在添加使用的，化学类的如聚丙烯氨酰胺(松土精)，有机类的如腐植酸、黄腐酸等。值得提倡的是经活化后矿物源的腐植酸类产品，在国外已大范围的应用，在欧美等部分国家将腐植酸归类为生物刺激素，对于土壤修复和刺激作物生长都有不错的效果。
相对于有机肥、微生物肥，土壤调理剂登记的企业并不是太多，这与农业部对土壤调理剂严格的审查制度和原料资源有关。土壤调理剂虽然对土壤有改良和调理作用，但选用的时候肯定要了解是针对哪类土壤的，有些是针对碱性土壤，有些是针对酸性土壤，而且用量要合理把握，使用过量会出现另外的副作用。很多地区由于销售商利益的驱使和用户对知识的欠缺，已出现土壤调理剂滥用的情况。
对于已经破坏了的土壤，修复和改良不是一朝一夕能完成的，也不是靠某一群体能完成的，要求我们整个社会的关心和参与，共同来维护我们赖以生存的土地，荷兰在1970年就起草了《土壤保护法》来约束对土壤的破坏，只有上升到法律层面，才能更好保护我们的土地。
土壤环境保护和污染治理的行动计划的总思路是以保障农产品安全和人居环境健康为出发点，以改善土壤环境质量为核心，通过加强法制建设，努力遏制土壤污染的扩大趋势，维护人体健康和环境安全。加大土壤污染治理和利用的环境监管，保障农产品安全，加大土壤环境质量监测，加强污染治理和修复，这是我们在治理方面要采取的措施。
土壤环境保护法已经列入全国人大的立法计划，已形成初稿，将会同有关部门进一步加大工作力度，加快立法进程，为土壤环境保护和污染治理提供更好的法律保障。希望历经磨难的《土壤环境保护法》能早日出台实施。随之将建立土壤档案制度，对土壤污染现象追责。
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